Rafael Fernández del Tijuana è sceso in campo nella maggior parte delle gare della sua squadra in Liga MX nel 2024/2025, avendo collezionato 29 presenze, per un totale di 1944 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 24 di queste presenze, su 38 giornate, ed è entrato a gara in corso 5 volte.
Fernández ha giocato la sua ultima partita il 10 aprile, con il Tijuana: una vittoria per 2-1 contro l'Atlético San Luis, in cui ha giocato 86 minuti. Ha ricevuto 7 cartellini gialli.
Fernández ha giocato 23 partite di Liga MX nell'ultima stagione con il Tijuana.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Tijuana nel giugno 2023, il difensore ha collezionato 5 presenze in campionato con Dorados.