Rafael Fernández del Tijuana ha giocato la maggior parte delle gare del suo club in Liga MX nel 2024/2025, avendo collezionato 16 presenze, per un totale di 1080 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 14 di queste presenze, su 18 giornate, ed è entrato a gara in corso 2 volte.
La sua ultima partita nella competizione risale al 21 novembre, gara in cui ha giocato 31 minuti con la maglia del Tijuana contro il Club América, nella sconfitta per 5-4. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
La gara casalinga contro il CF Atlas Guadalajara, il 24 novembre, sarà la prossima sfida di Liga MX per il Tijuana.
Fernández ha giocato 23 partite di Liga MX nell'ultima stagione con il Tijuana.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Tijuana nel giugno 2023, il difensore ha collezionato 5 presenze in campionato con Dorados.