Milan Havel è un difensore Viktoria Plzeň che ha giocato la maggior parte delle gare della sua squadra in Czech Liga nel 2020/2021, avendo collezionato 26 presenze, per un totale di 2257 minuti. É partito titolare in 25 di queste presenze, su 34 giornate, ed è entrato a gara in corso 1 volta.
L'ultima partita di Havel in campionato è stata il 29 maggio, con la maglia Viktoria Plzeň contro Opava. In quella gara ha segnato contribuendo alla vittoria per 3-1. In totale il difensore ha realizzato 2 gol in questa stagione; ha inoltre fornito 1 assist. Ha ricevuto 4 cartellini gialli, oltre a essere stato espulso 1 volta.
Ha aperto le sue marcature nella stagione di Czech Liga contro Pardubice il 24 gennaio, nella vittoria per 2-0.
Nell'ultima stagione con Viktoria Plzeň in Czech Liga Havel ha collezionato 10 presenze, gare in cui ha realizzato 2 gol.
Havel è tornato tra le fila Viktoria Plzeň nel gennaio 2020 dopo un'esperienza in prestito con Bohemians 1905, con cui ha collezionato 67 presenze in campionato, con 5 gol segnati.