Michalis Bakakis è un difensore AEK Athens che non ha giocato nella maggior parte delle partite della sua squadra in Super League 1 nel 2020/2021, avendo collezionato 15 presenze, per un totale di 1049 minuti. É partito titolare in 14 partite su 36 giornate ed è entrato dalla panchina 1 volta.
L'ultima presenza di Bakakis nella competizione è stata il 16 maggio, partita in cui ha giocato 78 minuti con la maglia AEK Athens contro Aris, nel pareggio per 0-0. In totale il difensore ha registrato 1 assist in questo campionato.
Nella passata stagione di Super League 1 Bakakis è sceso in campo in 27 partite con AEK Athens, gare in cui ha segnato 1 gol e fornito 1 assist.
Bakakis è passato tra le fila AEK Athens nel luglio 2014, mentre prima giocava con Panaitolikos, con cui ha collezionato 67 presenze in campionato, con 1 gol e 2 assist.