Luis Muñoz Málaga ha giocato nella maggior parte delle gare del club in Segunda División nel 2020/2021, avendo collezionato 30 presenze, per un totale di 2229 minuti. É partito titolare in 25 presenze su 42 giornate ed è entrato 5 volte.
Muñoz ha giocato la sua ultima partita il 30 maggio, con Málaga: una vittoria per 3-0 contro Castellón, in cui ha giocato 90 minuti. In totale il difensore ha segnato 5 gol in questa stagione - primo a pari merito tra i giocatori della sua squadra. Ha ricevuto 8 cartellini gialli.
Muñoz ha segnato l'ultima volta in campionato nel pareggio 1-1 contro Tenerife, il 21 marzo. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Real Zaragoza il 7 febbraio, con una rete nella sconfitta per 2-1.
Muñoz ha giocato 26 partite di Segunda División nell'ultima stagione con Málaga.
Il difensore è tornato a giocare con Málaga nel luglio 2019 dopo un'esperienza in prestito con Córdoba, con cui ha collezionato 26 presenze in campionato.