Krystof Danek Sigma Olomouc è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in Czech Liga nel 2020/2021, avendo collezionato 23 presenze, per un totale di 1270 minuti. É partito titolare in 13 presenze su 34 giornate ed è entrato 10 volte.
La sua ultima partita nella competizione è stata il 29 maggio, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia Sigma Olomouc contro Slovan Liberec, nella vittoria per 2-1. In totale il centrocampista ha segnato 3 gol nel 2020/2021; ha inoltre registrato 1 assist.
L'ultimo gol di Danek nella competizione è stato nel pareggio 2-2 contro České Budějovice, il 20 aprile. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Opava il 23 gennaio, con una rete nella vittoria per 4-1.
Nell'ultima stagione con Sigma Olomouc in Czech Liga Danek ha collezionato 3 presenze.