Jonathan Scherzer Wolfsberger AC ha giocato nella maggior parte delle gare del club in Bundesliga nel 2020/2021, avendo collezionato 25 presenze, per un totale di 1914 minuti. É partito titolare in 21 presenze su 34 giornate ed è subentrato 4 volte.
La sua ultima presenza nella competizione è stata il 22 maggio, gara in cui ha giocato 90 minuti con la maglia Wolfsberger AC contro Sturm Graz, nella sconfitta per 3-1. In totale il difensore ha segnato 1 rete nel 2020/2021; ha inoltre registrato 2 assist. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
Il suo primo gol nel campionato è arrivato in una vittoria 3-2 contro Salzburg il 20 dicembre.
Nell'ultima stagione con Admira in Bundesliga Scherzer ha collezionato 8 presenze.
Prima di arrivare a vestire la maglia Wolfsberger AC nel luglio 2020, Scherzer ha collezionato 28 presenze in campionato con Admira.