Fotis Ioannidis è un attaccante Panathinaikos che è sceso in campo nella maggior parte delle partite della sua squadra in Super League 1 nel 2020/2021, avendo collezionato 23 presenze, per un totale di 1175 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 13 presenze su 36 giornate ed è subentrato 10 volte.
La sua ultima presenza nella competizione risale al 16 maggio, partita in cui ha giocato 78 minuti con la maglia Panathinaikos contro Olympiakos Piraeus, nella sconfitta per 4-1. In totale l'attaccante ha segnato 4 reti nel 2020/2021 - terzo tra i giocatori della sua squadra.
É stato contro AEK Athens il 21 aprile che Ioannidis ha segnato il suo ultimo gol, nel pareggio 1-1. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Apollon Smirnis il 6 gennaio, avendo realizzato una rete nella vittoria per 1-0.
Nella passata stagione di Super League 2 Ioannidis ha giocato 19 partite con Levadiakos, gare in cui ha realizzato 4 gol.
Prima di cominciare l'esperienza con Panathinaikos nell'agosto 2020, l'attaccante ha collezionato 41 presenze in campionato con Levadiakos, per un totale di 6 gol.