Fernando Alarcón del Instituto è sceso in campo nella maggior parte delle partite del suo club in Liga Profesional Argentina nel 2024, avendo collezionato 35 presenze, per un totale di 2936 minuti. É stato scelto nell'11 iniziale in 34 di queste presenze, su 41 giornate, ed è entrato a gara in corso 1 volta.
La sua ultima partita in Liga Profesional Argentina è stata il 14 dicembre, partita in cui ha giocato 90 minuti con la maglia del Instituto contro il Godoy Cruz, nella sconfitta per 3-1. In totale il difensore ha segnato 2 reti in questa stagione. Ha ricevuto 11 cartellini gialli.
Alarcón ha segnato l'ultima volta in campionato nella sconfitta per 3-1 contro Belgrano, l'11 novembre. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro Platense l'11 agosto, con una rete nella vittoria per 2-0.
Nella passata stagione di Liga Profesional Argentina Alarcón è sceso in campo in 40 partite con Instituto, fornendo 1 passaggio vincente.
Prima di arrivare a vestire la maglia del Instituto nel gennaio 2022, Alarcón ha collezionato 30 presenze in campionato con Tigre.