Cecilia Prugna Empoli ha giocato in ogni partita di Serie A Women del 2020/2021, sempre da titolare.
La centrocampista ha giocato la sua ultima partita il 23 maggio, con Empoli: una sconfitta per 6-1 contro Sassuolo, in cui ha giocato 90 minuti. La centrocampista ha segnato 8 gol in questo campionato, mentre si posiziona al 1° posto, sempre a pari merito, per assist in Serie A Women in questa stagione, avendo fornito 9 passaggi vincenti. Ha ricevuto 4 cartellini gialli.
É stato contro Fiorentina il 15 maggio che Prugna ha segnato il suo ultimo gol, nella sconfitta per 2-1. Ha aperto le sue marcature in questo campionato contro San Marino il 23 agosto, avendo realizzato una rete nella vittoria per 10-0.
Nella passata stagione di Serie A Women Prugna ha giocato 16 partite con Empoli, realizzando 5 gol.